При таком обновлении необходимо только заменить jar-файл дистрибутива. Для этого:
останавливаем работающий сервис qos-server
systemctl stop qos-server
делаем резервную копию war-файла
cd /home/qow
mv qos-server.jar qos-server.jar.prev
переименовываем и перемещаем загруженный файл дистрибутива
mv qos-server.jar /home/qow/qos-server.jar
даем нужные права
chmod +x qos-server.jar
chown qow:qow qos-server.jar
обновляем сервис
systemctl daemon-reload
удаляем старые лог-файлы (не обязательно):
rm -f /home/qow/logs/*
запускаем сервис
systemctl start qos-server
9. проверяем лог-файл
tail -f /home/qow/qow.log